Năm 1998, Trường thành lập Ban dự án chuẩn bị đề cương mở ngành Kỹ thuật hệ thống công nghiệp với Trưởng ban là Thầy Hồ Thanh Phong. Đến ngày 08/09/1998 trường ra Quyết định do thầy Phạm Văn Bôn, Phó Hiệu trưởng ký quyết định bổ sung vào Ban dự án chuẩn bị đề cương mở ngành Kỹ thuật hệ thống công nghiệp: Thầy Trương Chí Hiền bấy giờ là Trưởng phòng Đào tạo và thầy Nguyễn Như Phong – giảng viên Khoa Điện – điện tử vào Ban dự án. Dự án được thực hiện, đến ngày 18/10/1999 Trường ra quyết định thành lập Bộ môn Kỹ thuật hệ thống công nghiệp do Hiệu Trưởng là cô Phan Thị Tươi ký với nhân sự gồm 3 thầy: Hồ Thanh Phong (CNBM), Nguyễn Như Phong, Nguyễn Văn Chung. Đến 1999, bộ môn bắt đầu đào tạo Khóa đầu tiên là khóa K97.
Khó khăn khi thành lập công việc khá nhiều, công việc mới nhưng nhân lực dự án ít lại bận việc. Về công việc bao gồm mở hội thảo đánh giá nhu cầu, viết dự án mở ngành với các nội dung về chương trình và kế họach đào tạo, nguồn lực, cơ sở vật chất,… sau đó là viết đề cương chi tiết môn học. Công việc khá nhiều như nhân sự chỉ có các thầy Hồ Thanh Phong, thầy Nguyễn Như Phong và thầy Nguyễn Văn Chung. Lúc ấy, thầy Hồ Thanh Phong là hiệu phó đào tạo, thầy Nguyễn Văn Chung là Phó phòng đào tạo, phụ trách hệ tại chức (Vừa làm vừa học). Tuy nhiên dự án có may mắn được sự hỗ trợ của một nhóm SV thực tập từ trường CĐ Hoa sen.
Khó khăn không chỉ khi thành lập mà còn gặp khi vận hành bộ môn. Khó khăn cơ bản là giảng dạy khá nhiều môn học nhưng số lượng giảng viên là rất ít. Về bổ sung nhân sự, năm 2000 có Thầy Nguyễn Tuấn Anh, sau đó là các thầy/cô Đỗ Ngọc Anh Dũng, Lê Ngọc Quỳnh Lam, Nguyễn Như Mai, Nguyễn Vũ Đức, Lê Tâm Phước, Phan Thị Mai Hà, Hùynh Thị Thu Thủy. Sau đó là cô Bùi Thị Kim Dung. Đến năm 2002, khóa 97 tốt nghiệp, bộ môn giữ được thầy Nguyễn Vạn Phúc Nguyên, thầy Đỗ Thành Lưu, Thầy Đỗ Ngọc Hiền. Đến 2003, thầy Nguyễn Trí Dũng về bộ môn.
Từ năm 2010, Bộ môn đã bổ sung thêm nhân sự gồm có: Thầy Đinh Bá Hùng Anh, Thầy Nguyễn Hữu Phúc, Cô Đặng Phi Vân Hài, Cô Hồ Thị Phương Dung, Thầy Võ Văn Thanh, Thầy Trần Quốc Công. Năm 2014, Bộ môn mở thêm chuyên ngành đào tạo Kỹ thuật Logistics và đến năm 2015 Bộ môn đạt chứng chỉ kiểm định chất lượng AUN – QA. Vào năm 2016 ngành Logistics và quản lý chuỗi cung ứng đã được Hội đồng Khoa học và đào tạo trường thông qua.
Website Bộ môn Kỹ thuật Hệ thống Công nghiệp: http://ise.fme.hcmut.edu.vn/
